Na época 1998/99 os clubes do Distrito de Beja presentes nos Campeonatos Nacionais de Futebol foram:
2ª Divisão "B"
- Clube Desportivo de Beja - Zona Sul - 18ºClassificado
3ª Divisão
- Ourique Desportos Clube - Série F - 12ºClassificado
- Futebol Clube Castrense - Série F - 17ºClassificado
- Futebol Clube de Serpa - Série F - 18ºClassificado
