Na época 1999/2000 os clubes do Distrito de Beja presentes nos Campeonatos Nacionais de Futebol foram:
3ª Divisão
- Clube Desportivo de Beja - Série F - 5ºClassificado
- Ourique Desportos Clube - Série F - 7ºClassificado
- Sport Clube Mineiro Aljustrelense - Série F - 16ºClassificado
